#mega !Title Sequences of the Adh gene of 14 Drosophilid species. Two codons containing alignment gaps were removed; !Format DataType=Nucleotide NTaxa=14 NSites=759 CodeTable=Standard Identical=. Missing=? Indel=-; [ M. Nei and S. Kumar (2000) Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. New York. Data for Figure 4.2. ] !Domain=Data Property=Coding; #D.mauritiana GCG TTG ACC AAC AAG AAC GTG ATT TTC GTT GCC GGC CTG GGA GGC ATT GGT CTG GAC ACC AGC AAG GAG CTG GTC AAG CGC #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... #D.melanogaster T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... #D.pseudoobscura T.T C.C ... ... ... ... ..C G.. ... ..G ... ..T ... ..C ... ... ..C ... ... ... ... CG. ... T.. ... ... ..T #S.lebanonensis .AT ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... .CT ... ..C ..T ... ... ..C ... ..G ..T CG. ... ..C ... ... ..T #Sc.albovitata TGT A.C G.T GG. ... ..T A.C ..C ..T ..C ..T ..T ..C ..T ... ... ..A ... ... ... .AT CGC ... A.T ... ... A.. #D.crassifemur TTC A.C G.T GG. ... ... A.C ..C ..T ..C ..T ..T ..C ..C ... ... ..A ... ..G ..G ..T CGC ... A.T ... ... A.. #D.mulleri1 ..C A.C G.T ... ... ... A.C ..C ... ..C ..T ..A ..C ..T ... ... ..A T.C ... ... ..T CGC ... A.T ... ... A.. #D.affinidisjuncta .TT A.C G.T ... .GT ... ..C ..C ..T ..C ..T ..T ... ..T ... ... ..C ... ... ... ..T CGC ... A.T ... ... A.T #D.heteroneura .TT A.C G.T ... .GT ... A.C ..C ..T ..G ..T ..T ... ..T ... ... ..C ... ... ... ..T CGC ... A.T ... ... A.. #D.mimica .TT A.C G.T ... .GT ... A.C ..C ..T ..G ..T ..T ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T CGC ... A.T ... ... A.T #D.adiastola .TT A.C G.T ... .GT ... A.C ..C ..T ..C ..T ..T ... ..T ... ... ..C ... ... ... ..T CGC ... A.T ... ... A.T #D.nigra .TT A.C G.T ... .GT ... A.C ..C ..T ..C ..T ..T ... ..C ... ... ..C ... ... ... ..T CGC ... A.T ... ... A.T #D.mauritiana GAC CTG AAG AAC CTG GTG ATC CTC GAC CGC ATT GAG AAC CCT GCT GCC ATT GCC GAG CTG CAG GCA ATC AAT CCA AAG GTG #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... #D.pseudoobscura A.T ... ... ... ... ..C ... ..G ..T ... ... ..C ..T ..G ... ... ... ... ..A ... A.. ... ... ... ..C ... ... #S.lebanonensis A.T ... ... ..T T.T ..C ... T.G ... A.A G.. ... ... ..G A.. ..T C.. ..T ... ... A.. ... ..A ... ..C ... ... #Sc.albovitata .GT .CC ... ... ..A ... ... ..T ..T ... ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... ... ..G ..T ... ..C ..T ... #D.crassifemur .GT .CC ... ... ..A ... ... ..T ..T ..T GCG CC. ..T ..G ... ... ... ..T ... ... ... ..G C.T ... ..C ... ... #D.mulleri1 .G. .CA ... ... ... ..C ... ..T ... ... ... ... ... ..A ... ..T ... ... ... ... A.. ... C.. ..C ... ..T ... #D.affinidisjuncta .G. .CC ... ... ... ... G.G ..T ... ... G.. ..C ... ..C ... ... ... ... ... T.. A.A ..C C.T ... ..C ... ... #D.heteroneura .G. .CC ... ... T.. ... G.G ..T ..T ... ... ..C ... ..C ... ... ... ... ... T.. A.A ..C C.T ... ..C ... ... #D.mimica .G. .CC ... ... ... ... T.G ..T ..T ... ... ..C ... ..C ... ... ... ... ... T.. AGT ..G C.. ... ..C ... ... #D.adiastola .G. .CC ... ... ... ... T.G ..T ..T ... ... ..C ... ..C ... ... ... ... ... T.. AGT ... C.. ... ..T ... ... #D.nigra .G. .CC ... ..T T.. ... T.G ... ..T ... ... ..C ..T ..C ... ... ... AAT ... T.. AGA ..C C.. ... ..C ... ... #D.mauritiana ACC GTC ACC TTC TAC CCC TAT GAT GTG ACC GTG CCC ATT GCC GAG ACC ACC AAG CTG CTG AAG ACC ATC TTC GCC AAG CTG #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... #D.pseudoobscura ... A.. ... ... ..T ... ..C ... ... ..T ... ... G.C ..T ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ..T ... C.. G.. #S.lebanonensis .A. A.. ... ... C.T A.. ..C ... ... ... ..A ... G.. ..T ... T.G .AG ... ... ... ... .AG ..T ... .AT C.. ... #Sc.albovitata ... ..A T.. ..T ..T ... ..C ... ..T ..A ..A G.G T.G ..T ..A .GT GT. ... ... ... ... ..A ... ... ..T ... ... #D.crassifemur ... ..A T.. ..T ..T .T. ..C ... ... ..A ..A ..G CAG T.. ..A ..T GT. ... ... ... ... ..A ... ... ..G ... ... #D.mulleri1 ... ... ..G ... ..T ... ... ... ..A ... ..C ..G G.A ..A ... ... ..G ... ..T T.. C.. .AA ... ..T .A. C.. ... #D.affinidisjuncta ... ..T ..A ... ..T ..G ... ... ..A ... ... ..G T.G ..T ..A ... .AA ... ..A T.. ... ..A ... ... .A. ... ... #D.heteroneura ... A.T ..A ... ..T ... ... ... ..A ... ... ..G T.G ..T ..A ... .AA ... ..A T.. ... ... ..T ... .A. ... ... #D.mimica ... ..T ..A ... ..T ... ... ... ..A ... ... ..G T.G ..T ..A ... .AA ... ..A T.. ... ..A ... ... .A. ... ... #D.adiastola ... ..T ..A ... ..T ... ... ... ..T ... ..A ..G T.G .AT ..A ... .AA ... ..A T.. ... ..A ... ... .A. ... ... #D.nigra ... ..T ..A ..T ..T T.. ... ... ..A ... ..T ..G T.G ... ..A ... .AA ... ..T T.. ... ..A ... ... .A. ... ... #D.mauritiana AAG ACC GTC GAT GTC CTG ATC AAC GGA GCT GGT ATC CTG GAC GAT CAC CAG ATC GAG CGC ACC ATT GCC GTC AAC TAC ACT #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.pseudoobscura ... ... A.. ... ... ... ... ... ..T ... ..C ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ..G #S.lebanonensis ..A ... ..T ..C A.T ... ... ..T ..T ... ... ..T T.. ..T ..C ..T ... ..T ... ... ... ... ... A.. ... .T. ... #Sc.albovitata ... ..A ..T ... T.G ..C G.. ..T ... ... ..C ..T ... ... ... ..T ... ..T ... ..G ... ... ..A ..G ..T .T. ... #D.crassifemur ... ... A.. ... T.G ..C ... ..T ..C ..C ..C ..T ... ... ... ..T ... ... ... ..T ... ... ..G ..G ..T .T. ... #D.mulleri1 ... ..A ... ..C C.G ..C ... ..T ... ... ..C ... ... ... ..C T.. ... ... ... ..T ... ... ..G ..G ... .T. ..A #D.affinidisjuncta ... ..A ..T ... C.G ..C ... ..T ..C ... ... ... ... ... ... A.T ... ..T ... ... ..A ... ..G ..G ..T .TT ..A #D.heteroneura ... ..A ..T ... C.G ..C ... ..T ..C ... ... ... ... ... ... ACT ... ..T ... ... ... ... ..G ..G ..T .TT ..A #D.mimica ... ..T ..T ... C.G ..C ... ..T ..C ... ... ... ... ... ... ..T ... ..T ... ... ... ... ..G ..G ..T .TT ..A #D.adiastola ... ..A ..T ... C.G ..C ... ..T ..C ... ... ..T ... ... ..C A.T ... ..T ... ... ... ... ..G ..G ..T .TT ... #D.nigra ... ..T ..T ... C.G ..C ... ..T ..T ... ..C ... ... ..T ... ..T ... ..T ... ... ... ... ..G ..G ..T .T. ... #D.mauritiana GGC CTG GTC AAC ACC ACG ACG GCC ATT CTG GAC TTC TGG GAC AAG CGC AAG GGT GGT CCC GGT GGT ATC ATC TGC AAC ATT #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.pseudoobscura ... ... ... ... ... ..C ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..A ..C ..C ... ..T ... ... ... #S.lebanonensis ..T ... ... ... ... ..C ..C ..T ... T.. ... ..T ... ... ... ..T ... ..C ... ..T ... ..C ... ..T GC. ... ... #Sc.albovitata ..T ACT ..G ..T ... ..A ..T ..T ..C A.. ..G ... ... ..T ... ... ... ... ..A ..A ... ..C G.T ..T GC. ... ... #D.crassifemur ..T AC. ..G ... ... ... ..C ... ..C A.. ..G ... ... ... ... ... ... ... ..A ..A ... ..C G.T G.T GC. ... ... #D.mulleri1 ... AC. ..G ... ... ..C ... ... ..C A.. TC. ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..A ..C ... G.. ..T GCG ... ..C #D.affinidisjuncta ..T ACA ..G ... ... ..A ..T ..G ..C A.. ..T ... ... ... ... ..T ... ..C ..C ..A ... ... G.T G.T GC. ... ... #D.heteroneura ... ACA ..G ... ... ..A ..T ..G ..C A.. ..T ... ... ... ... ..T ... ..C ..C ..A ... ... G.G G.T GC. ..T ..C #D.mimica ..T ACA ..G ... ... ..T ..T ..G ..C A.. ..T ... ... ... ... ..T ..C ..C ..C ... ... ... G.T ..T GC. ... ..C #D.adiastola ..T ACA ..G ... ... ..A ..T ..G ..C A.. ..T ... ... ... ... ..T ... ..C ..C ..A ... ... G.T G.T GC. ... ..C #D.nigra ..T ACA ..G ... ... ..C ..T ..G ..C A.. ..T ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..A ... ..C ..T G.T GC. ... ..C #D.mauritiana GGA TCC GTC ACT GGT TTC AAT GCC ATC TAC CAG GTG CCC GTC TAC TCC GGC ACC AAG GCC GCC GTG GTC AAC TTC ACC AGC #D.simulans ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.pseudoobscura ..C ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... T.. ... ..G ..G ... ..T ... ..T ... TC. #S.lebanonensis T.C ... ..T ... ..C ... ... ... ... C.. ... ... ..T ... ... ..G .CA T.. ... ..T ..T ..T ... .G. ... ..A .AT #Sc.albovitata T.C ..A ..G ..A ..A ... ... T.. ..T ... ... ... ..T ..A ... ..T .C. T.A ... ..G ..T .CC T.G .G. ..T ... ... #D.crassifemur T.C ..G ..G ... ..A ... ... T.. ..T ... ... ... ..T ... ... ..T .C. T.G ... ..G ..T .CC T.G .G. ... ... ... #D.mulleri1 T.C ..G ..G ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... .CA T.. ... ..A ..T .CT C.. .G. .CT ... .AT #D.affinidisjuncta T.C ..A ..A ... ..A ... ..C T.. ... ..T ... ... ... ..T ... ..T .C. T.A ..A ..G ..T .CT C.A .G. ... ... .CT #D.heteroneura T.C ..A ..A ... ..C ... ..C T.. ... ..T ... ... ... ..T ... ..T .C. T.A ... ..G ..T .CC C.A .G. ... ... .CT #D.mimica T.C ..A ..G ... ..A ... ..C T.. ... ..T ... ... ... ..T ... ..T .C. T.A ... ..G ..T .CC C.A .G. ... ... .AT #D.adiastola T.C ..A ..A ... ..C ... ..C T.. ... ..T ... ... ... ..T ... ..T .C. T.A ... ..A ..T .CC C.A .GT ... ..T .CT #D.nigra T.C ..A ..G ... ..C ... ..C T.. ... ... ..A ... ... ..T ... ..A .C. T.A ... ..G ..T .CC C.T .G. ... ... G.T #D.mauritiana TCC CTG GCG AAA CTG GCC CCC ATT ACC GGC GTG ACC GCT TAC ACC GTG AAC CCC GGC ATC ACC CGC ACC ACC CTG GTG CAC #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.pseudoobscura ... ... ... ... ... ..T ... ... ..T ..T ..C ..T ... ... ..T ..C ..T ..T ... ... ..T AAG ... ..T ... ..C ... #S.lebanonensis ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ... ..T ..T ..C ..T T.G A.C ... ..T ... ... ... A.G ... C.. T.. ... ... #Sc.albovitata ... ..T ... .G. T.. ..A ..T ..A ..T ... ..A ..G .TC ..T T.T A.T ..T ..T ... ..T ..T GA. ... ..A T.. ... ... #D.crassifemur ... A.T ... ... T.. ..A A.T ..A ... ... ..A ..G .TC ... T.. A.T ..T ..G ... ..T ..G GA. ... ..A T.. ... ... #D.mulleri1 ... ... ..C ... ... ..G ... ... ..T ... ... ..T ..C ... T.. A.C ... ..T ... ... ..G AAG ..A C.T ... ..C ... #D.affinidisjuncta ... A.T ... ... T.. ..G .AT ... ..T ... ..T ..G ..A ..T T.. A.C ... ..G ... ..T ... AAG ..T GTT ... ... ..T #D.heteroneura ... ..T ... ... T.. ..G .AT ... ..T ... ..T ..G .TA ..T T.. A.C ..T ..G ... ..T ... AAA ..T GTT ... ... ..T #D.mimica ... ..T ... .G. ... ... AGT G.. ..T ... ..T ..G ..A ..T T.T A.C ..T ..G ... ..T ... AAA ... GTT ... ... ... #D.adiastola ... T.T CG. ... T.. ..G GGT ... ..T ... ..T ..G ..A ... T.. A.C ..T ..G ... ..T ... AAG ... GTT ... ... ..T #D.nigra ..A A.T ... ... T.. ..A ..T ... ..T ... ..T ..G ..A ..T T.. A.C ..T ..T ... ..T ... AAA ... GTT ... ... ... #D.mauritiana AAG TTC AAC TCA TGG CTG GAT GTT GAG CCC CAG GTT GCC GAG AAG CTC CTG GCT CAT CCC ACC CAG CCC TCA TTG GCC TGC #D.simulans ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster .C. ... ... ..C ... T.. ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... #D.pseudoobscura ..A ... ... ..G ... ... ... ..G ... ... .GT ..G ..G ... ... ..G ..C .AG ... ... ... ... A.. ..T CA. CAG ... #S.lebanonensis .CT ... ... ..C ... ... ... ..A ... ..A .GT ... ... ..A CT. ..G ... T.C ... ..A ... ... A.. ..C GA. CAA ... #Sc.albovitata ..A ... ..T ..C ... ..C ... ... ... ..A .GT ..G ... ... ... ... ..T ..C TT. ... ..A ... A.A ..T ... ..A ..T #D.crassifemur ..A ... ... ..C ... ... ... ..G ... ..A ..T ..G ... ... ... ..G ..T ... TTC ... ..T ... A.A ..G ... ..T ..T #D.mulleri1 ..A ... ... ..G ... ... ... ..G ... ..T .GT ..G ... ... TT. ..G ... .AG ... ..T ..T ... A.A AGT ... CAG ... #D.affinidisjuncta ..A ... ... ..C ... ... AG. ... ... ..A .GC ... ... ... CTA ..G ..T .AG ..C ... ..A ... A.A A.. ... CAG ... #D.heteroneura ..A ... ... ..C ... ... A.. ... ... ..A .GC ... ... ... CTA ... ..T .AG ... ... ..A ... A.A A.. ... CAG ... #D.mimica ..A ... ... ..C ... ... A.. ... ... ..A .GC ... ... ... CT. ... ..T .AG ... ... ..A ... A.A A.G G.. CAA ... #D.adiastola ..A ..T ... ..C ... ... .G. ... ... ..A .GC ..A ... ... CT. ... ..T .AG ... ... ..A ... A.A A.G C.. CAA ... #D.nigra ..A ... ... ..T ... ... A.. ... ... ..A .GC ... ... ... CT. ... ..T .AC ... ... ..A ... A.A A.G G.. CAG ... #D.mauritiana GCC GAG AAC TTC GTC AAG GCT ATC GAG CTG AAC CAG AAC GGA GCC ATC TGG AAA CTG GAC TTG AGC ACC CTG GAG GCC GTC #D.simulans ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... A.. #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... A.. #D.melanogaster ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... A.. #D.pseudoobscura ... ... ... ..T ..G ... ..C ..T ... ... ... A.. ... ..T ... ... ... ..G T.. ..T ... G.. ... T.. ... C.. A.. #S.lebanonensis .GT C.. ... ..T ... ... ..C ..T ... GCC ... A.. ..T ..C ... ..A ... ... T.. ..T C.. G.. ... ..T ... ... A.T #Sc.albovitata ... A.. ... ..T ... .G. ..C ..T ..A GCC ..T A.. ..T ..C ... ... ... ..G ... ..T C.T .A. CGT ... ..T .AA A.T #D.crassifemur ... A.. ... ..T ... ..A ..C ..T ... GCC ..T A.. ..T ..C ... ... ... ..G ... ..T C.T G.. CGT ... ..T .AA A.. #D.mulleri1 ... C.. ... ..T ... ... ..C ..T ..A GCC ... ... ..T ..C ... ... ... ... ... ... ... G.T ... ... ... ... A.T #D.affinidisjuncta ..A C.. ... ..T ..G ... ..C ..T ... GCC ... ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..T C.T G.. CGT ... ..T ..A A.. #D.heteroneura ..A C.. ... ..T ..G ... ..C ..T ... GCC ... ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..T C.T G.. CGT ... ..T ..T A.T #D.mimica ..A C.. ... ..T ..G ... ..C ..T ... GCC ... ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..T C.T G.. CGT ... ..T C.T A.T #D.adiastola .GA C.. ... ..T ..T ... ..C ..T ... GCC ... ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..T C.T G.. CGT ... ..T ..T A.T #D.nigra ... C.. ... ..T ..G ... ..C ..T ..A GCC ... G.. ..T ..T ... ... ... C.. ... ..T C.T G.. CG. ... ..A ..T A.T #D.mauritiana CAG TGG ACC AAG CAC TGG GAC TCC GGC ATC #D.simulans ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.sechellia ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.melanogaster ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.pseudoobscura ACA ... ... C.. ... ... ... ..G ... ... #S.lebanonensis G.. ... ... ... ... ... ... ..G CA. ... #Sc.albovitata G.A ... ... ... ... ... ... ..G ... ... #D.crassifemur G.A ... ... ... ... ... ... ..G ... ... #D.mulleri1 G.A ... ... ... ... ... ... ..G CAT ... #D.affinidisjuncta G.A ... ... ... ... ... ... ..A ... ... #D.heteroneura G.A ... ... ... ... ... ... ..A ... ... #D.mimica G.A ... ... ... ... ... ... ..G ... ... #D.adiastola G.A ... ... ... ... ... ... ... ... ... #D.nigra G.A ... ... ... ... ... ... ..G C.. ...